Hypertext im wissenschaftlichen Arbeiten und Kommunizieren hat vor allem einen entscheidenden Vorteil, besonders für die Geschichtswissenschaft: nicht das Ergebnis, sondern der Prozess des Erarbeitens steht im Vordergrund, jedes Projekt und jede Fragestellung hat somit ein offenes Ende.
Weiters ist es möglich komplexe Themen, leicht verständlich zu präsentieren und in verschiedene Subthemen aufzugliedern, wodurch jeder Benützer/jede Benützerin nach seinem/ihrem individuellen Interesse selbstständig weiterforschen kann.
Das Erstellen hypertextueller Gebilde ermöglicht auch auf einfache Weise interdisziplinäre Zusammenarbeit; VertreterInnen verschiedener wissenschaftlicher Disziplinen können dieselbe Fragestellung oder dasselbe Thema aus ihrer Perspektive beleuchten und die daraus entstehenden Texte werden durch hypertextuelle Verknüpfungen zusammengefügt. Somit können die UserInnen sich selbst aussuchen welchen Teilbereich der Fragestellung bzw. des Themas sie näher erforschen möchten.
Weiters wird dadurch die Fähigkeit zur Teamarbeit gefördert, da die verschiedenen Texte in einem hypertextuellen Gebilde aufeinander abgestimmt sein müssen und nicht von einander losgelöst sein sollten. Sind die Texte nicht kohärent, handelt es sich auch nicht um eine hypertextuelle Zusammenarbeit.
Während durch das Nutzen von hypertextuellen Gebilden in der Wissenschaft zwar geografische und institutionelle Hierarchien überwunden werden sollen, bleiben soziale Hierarchien erhalten oder werden sogar noch verstärkt. Die Voraussetzung die nötige technische Ausstattung zu besitzen, um hypertextuelle Gebilde zu erstellen oder von diesen profitieren zu können, grenzt wiederum Menschen aus.